Trauksmes celšanas dēļ nav pieļaujams radīt nelabvēlīgas sekas ne trauksmes cēlējam, ne viņa radiniekiem vai saistītajām personām.     
Nelabvēlīgas sekas ir kāda rīcība vai bezdarbība, kura nav objektīvi pamatota, bet tiek veikta ar nolūku atriebties par trauksmes celšanu. 
Nelabvēlīgas sekas arī sauc par represijām. Represijas var radīt nepamatotu kaitējumu trauksmes cēlējam.
Nelabvēlīgas sekas trauksmes celšanas dēļ var būt, piemēram,      

• disciplināra vai citāda sodīšana,      
• atbrīvošana no darba vai amata, darba līguma nepagarināšana,
• pazemināšana amatā, pārcelšana citā darbā vai amatā,      
• amata pienākumu mainīšana,
• negatīvs darba vērtējums,
• atkāpšanas no preces piegādes vai pakalpojuma izmantošanas,
• goda, cieņas, reputācijas aizskaršana,
• nevienlīdzīga attieksme.

Pienākums pierādīt, ka nelabvēlīgās sekas trauksmes cēlējam, viņa radiniekam vai saistītajai personai nav saistītas ar trauksmes cēlēja ziņojumu, ir pusei, kas šīs sekas radījusi. Ja personai radušās nelabvēlīgas sekas trauksmes celšanas dēļ,  tā  var vērsties tiesā vai publiskajā sektorā arī hierarhiskā kārtībā apstrīdēt vai pārsūdzēt veikto faktisko rīcību vai pieņemto lēmumu, novērst savu tiesību aizskārumu.
Trauksmes cēlējs, kurš atrodas darba tiesiskajās vai citās civiltiesiskās attiecībās, var  vērsties ar prasības pieteikumu vispārīgās jurisdikcijas tiesā. Savukārt trauksmes cēlējs valsts dienestā atkarībā no gadījuma var vērsties vispārīgās jurisdikcijas tiesā vai rīkoties Administratīvā procesa likumā noteiktajā kārtībā.
Trauksmes cēlējs, viņa radinieks un saistītā persona, ja tas nepieciešams aizsardzībai pret trauksmes celšanas dēļ radītajām nelabvēlīgajām sekām, ir atbrīvots no pienākuma ievērot lietas ārpustiesas izskatīšanas kārtību administratīvajā procesā, proti, pirms vēršanās tiesā par iestādes pieņemto lēmumu vai rīcību var neapstrīdēt augstākā iestādē, bet uzreiz pārsūdzēt Administratīvās rajona tiesas tiesu namā. Tādējādi, ja, ņemot vērā lietas apstākļus, ir saprātīgi uzskatīt, ka iestāde nav ieinteresēta objektīvā lietas izskatīšanā, var uzreiz vērsties tiesā.